Պետական եկամուտների կոմիտեն հետևողական է համակարգի ներսում աշխատակիցների թույլ տված չարաշահումները հայտնաբերելու գործում։ ՊԵԿ-ը տնօրինում է անհրաժեշտ գործիքակազմ և ներուժ` վերհանելու սեփական աշխատակիցների ծառայողական թողտվությունները։
Կոմիտեի տարբեր ստորաբաժանումներից ստացված հանցագործության մասին հաղորդումների հիման վրա հենց ՊԵԿ-ում հարուցվել են քրեական գործեր, իսկ ծառայողների անմիջական ղեկավարների գրավոր զեկուցագրերի հիման վրա ՊԵԿ ներքին անվտանգության վարչությունում անցկացվել են ծառայողական քննություններ։
