Չնայած այն հանգամանքին, որ Ալեքսանդր Մակեդոնացին համարվում է հին աշխարհի պատմության առավե նկարագրված կերպարներից, նրա մահը պարուրված է խորհրդավոր գաղտնիքներով: Փորձագետների մեծ մասը նրա մահը թվագրում են մ.թ.ա. 323 թվականը: Մահվան վայր են համարում Բաբելոնը: Սակայն մահվան պատճառը շատ մշուշոտ է մնում:
Երկար ժամանակ գտնում էին, որ նա թունավորվել է: Իսկ դրա համար կային պատճառներ՝ կինը, խորթ եղբայրն ու նրա զորահրամանատարները: Սակայն բոլոր փաստերի առկայության պարագայում կարելի է պնդել, որ Ալեքսանդրը երկեւ շաբաթ երկիրը կառավարել է հիվանդ վիճակում, երբ տառապում էր տենդով ու որովայնային ցավերով:
Առավել հավանական է, որ մահվան պատճառ կարող էր հանդիսանալ հիվանդությունը՝ վիրուսային հեպատիտը, էնդոկրադիտը, մալարիան ու տիֆը կամ մեկ ուրիշ բան:
Խորհրդավորություն է պարունակում, նաեւ նրա մահվան կանխատեսումը, երբ գուշակները զգուշացրել էին, որ մահը վրա կհասնի հենց Բաբելոնում: Այդ մասին գուշակել էր նաեւ հնդիկ փիլիսոփա Կապանուսը, ով ուղեկցում էր Ալեքսանդրին արշավանքների ընթացքում: